第三季开始于上一季的三个月后，为了自己儿子的回来，强纳森去到山洞里，暂时得到了超人的能力，最终使儿子回到身边。克拉克和拉娜的感情一样起起落落，而他又学会了新的技能，离成为真正的超人只有一步之遥了！在最后一集，出现了一个神秘的女孩，她拥有比克拉克强大白倍的能力，她是来接克拉克回自己星球的。看着父亲因为自己受伤，他终于跟着女孩离开了。这季的结尾是伤感的，拉娜去了巴黎，克洛伊和她的爸爸在搬进新居后房子就爆炸了，而皮提也离开了SMALLVILLE。